Уже вскоре после создания ИППО, осенью 1882 г., Советом Общества ставится вопрос об археологических раскопках на Русском месте — в Старом Городе, возле храма Гроба Господня. О настоятельной их необходимости инициатор создания Общества В. Н. Хитрово писал в докладной записке на имя великого князя Сергия Александровича в ноябре 1882 г.. Результатом стал рескрипт великого князя на имя Министра иностранных дел Н. К. Гирса от 5 ноября 1882 г.: «Предполагая на собственные средства поручить произвести с ученой целью раскопки на этом месте, обращаюсь с просьбой в личное мне одолжение разрешить произвести таковые раскопки» (место, предназначавшееся когда-то под консульские постройки, оставалось в ведении МИДа). Сергий Александрович выделил из своих сумм тысячу рублей золотом и обратился через своего помощника М. П. Степанова к архимандриту Антонину (Капустину) с просьбой принять на себя руководство раскопками и контроль за расходом денег. По рекомендации архимандрита Антонина к раскопкам был привлечен знаток иерусалимских древностей немецкий археолог и архитектор Конрад Шик.

Однако далеко не все исследователи, ознакомившиеся с результатами раскопок как по публикации в Православном Палестинском сборнике, T.7, так и de visu, разделили точку зрения членов экспедиции. Дискуссия по целому ряду вопросов велась и среди отечественных, и среди зарубежных исследователей. К ряду ведущих российских ученых Совет Императорского Русского Археологического общества обратился с просьбой дать свое заключение по поводу результатов археологических работ на Русском месте. Их мнения были опубликованы в 1887 г. В этой записке были представлены точки зрения архимандрита Леонида (Кавелина), архимандрита Антонина (Капустина), профессора Киевской Духовной Академии А. А. Олесницкого и профессора Санкт-Петербургской Духовной Академии H. В. Пoкpовскoro. В этих ответах дается детальнейшая оценка многочисленных задач, которые были поставлены перед археологическим и историческим палестиноведением всем комплексом открытых строений. Сомнениям подвергалась датировка древнееврейской стены временем Неемии, но в особенности возражения почти всех участников дискуссии вызывала реконструированная немецким архитектором К. Шикком топография сооружений, существовавших, по мнению последнего на этом месте в I в. н.э., а также предложенный им план базилики Константина.